Les apolipoprotéines sont des protéines constitutives des lipoprotéines, structures chargées de transporter des molécules hydrophobes (triglycérides, cholestérol) dans le sang, milieu aqueux. Elles assurent la cohésion et la solubilisation des lipoprotéines dans le sang. Elles ont aussi un rôle dans la régulation métabolique (activateur/inhibiteur d'enzymes plasmatiques ou ligands des récepteurs membranaires). Selon les lipoprotéines, les apolipoprotéines ne sont pas les mêmes. Certaines sont transférables d'une lipoprotéine à une autre, comme les apolipoprotéines E (Apo E) et C (Apo C). On distingue : l'apolipoprotéine A (Apo A) présente à la surface des chylomicrons et des HDL, dont l'apolipoprotéine A1 ; l'apolipoprotéine(a) (Apo(a)) à la surface de la lipoprotéine(a) ; l'apolipoprotéine B avec deux isoformes : l'apolipoprotéine B-48 (Apo B-48) à la surface des chylomicrons, l'apolipoprotéine B-100 (Apo B-100) à la surface des VLDL, des IDL et des LDL ; l'apolipoprotéine C (Apo C) à la surface des chylomicrons, des HDL et des VLDL, qui se subdivisent en apolipoprotéine C-I, C-II, C-III et C-IV ; l'apolipoprotéine D (Apo D) à la surface des HDL ; l'apolipoprotéine E (Apo E) à la surface des chylomicrons, des HDL, des IDL et des VLDL ; l'apolipoprotéine L, dont l'apolipoprotéine L1 ; l'apolipoprotéine M ; l'apolipoprotéine O. Ainsi en fonction des apolipoprotéines présentes à leur surface, les lipoprotéines seront capturées par des cellules différentes (possédant des récepteurs aux apolipoprotéines différents).